Cada sede cuenta con un consejo de becarios, integrado por los residentes que han recibido la beca del Colegio Mayor u optan a recibir en el curso académico en cuestión. De entre ellos se elige un Decanato y unas Comisiones, a los que corresponde, de manera primordial, velar por el mantenimiento de una activa participación de los colegiales en todas las tareas formativas del Colegio Mayor.
Los colegiales que ya están en posesión de la beca integran el consejo colegial y se reúnen dos veces al año para aprobar las actividades conjuntas entre las cuatro sedes de Belagua, nombrar a los becarios de honor, etc.