EConsejo Colegial es el órgano superior de participación de los colegiales en la consecución de los fines del Colegio Mayor. Está compuesto por todos los Colegiales Mayores, que son aquellos que habiendo sido residentes o adscritos durante al menos dos cursos, sean acreedores de tal distinción por su participación activa en el logro de los fines del Colegio Mayor. Las reuniones del Consejo Colegial serán convocadas y presididas por el Director General que establecerá el orden del día de acuerdo con los decanatos de los consejos colegiales de las sedes. Tendrán al menos periodicidad semestral, sin perjuicio de la facultad del Director General para convocarlo siempre que lo estime oportuno. Los acuerdos se adoptarán por  consenso, y en caso de no llegar a un acuerdo, por mayoría de votos, siendo decisorio en caso de empate el voto del Director General. Son funciones del Consejo Colegial de Belagua: Promover, sostener y gobernar la vida colegial, la aprobación de los proyectos de carácter general que se promuevan fruto de la vida colegial y la propuesta de los Becarios de Honor a la Junta de Gobierno.