El gobierno ejecutivo de la vida colegial se lleva a cabo a través de las comisiones. Velan por el buen funcionamiento del día a día en el mayor y se organizan por áreas temáticas: comisión interna (funcionamiento y gestión de la vida ordinaria: comidas, orden, horarios, etc.); comisión externa (comunicación y relaciones exteriores del mayor); comisión de cultura; comisión académica; comisión de actividades solidarias; comisión lúdica; comisión de deportes, etc. Las comisiones son flexibles y responden a las necesidades de cada momento.

En ocasiones, para impulsar actividades conjuntas entre las cuatro sedes de Belagua, se crean consejos específicos para sacar esas actividades concretas. Habitualmente están integradas por colegiales de las cuatro sedes y colegiales adscritos.